赛文离开约30年后的地球。被不知什么人所攻击而受伤的赛文，以坠落形式再次来到地球，故事开始。出席了地球环境保全委员会的古桥队长，遭遇到了超级太阳能设备的爆炸事故。因为原因不明的爆炸事故，奥特警备队开始

一群人因为来历不明的花粉失去记忆……医院里，病人们被某个神秘人控制，变得极具攻击性……失去记忆的诸星团寄宿在市立中央病原护士村田恭子的家里……

北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「

宮西村突然出现大量黄金，使得村民为了争抢而大打出手。一个漂浮在空中的奇怪的眼球从村民身体里吸出些什么，村民们立刻就平静了下来。这时，诸星团来到了这里……

地球防衛軍的總指揮古橋參謀往宇宙進行友好計劃，在太空船內離奇被殺，而其他工作人員亦不幸遇害，外界對於這宗事件諸多揣測……

超人警備隊的里美回到故鄉，無意中發現了一本描寫「大鐵人」秘密的書籍，多年前她爸爸為了出版這本書被外星人所殺，今天 里美再與寫這本書的叔叔重逢。

在超人警備隊阿島隊員的故鄉，有市民目睹一條古老的村在剎那間出現，又在瞬間突然消失了……根据研究，有可能是外星人運用「得奇粒子」的能量，令時空產生變化，把已成歷史的老村莊重現眼前，產生時光倒流的現象……

在幾百萬年前，地球原本是外星人的故鄉，人類殘暴的祖先在地球進行殺戳把這地方鵲巢鳩佔。而世代以來，所有統治者還一直把紀錄了這個秘密的「亞米加檔案」禁敝起來，不肯承認過錯。事實上，外星人直對地球虎視眈眈，

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先